A cidade de Bodoquena foi desmembrada do município de Miranda.

Em 1948, o governador do Mato Grosso, Dr. Arnaldo Estevão de Figueiredo, atendendo a reivindicações de políticos do município de Miranda, liderados pelo prefeito Manoel de Pinho, implantou em terras do governo, ainda no município de Miranda, uma colônia agrícola segundo o decreto governamental nº 547 de 30 de setembro de 1948.

Francisco de Paula Chagas, conhecido como Chico Mineiro, Francisco Maciel e Alfredo Pedro de Araújo foram os primeiros colonos a chegar na região, por volta de 1948. A chegada dos colonos até a colônia era difícil, tinham que andar 55km de trilha que fazia a ligação da colônia ao município de Miranda. Essa trilha ficou conhecida como a Trilha dos Caminheiros da Fé

No inicio da década de 50 com a chegada de colonos de diversos lugares do país e de países vizinhos inicia-se a colônia no local. Os colonos vieram atraídos pela boa qualidade do solo, ideal para a prática da agropecuária.

Posteriormente formou-se um povoado chamado Vila da Amizade. A vila começa a se desenvolver e surgem os primeiros estabelecimentos comerciais, em sua maioria pequenos bolichos e butecos.

Em 14 de dezembro de 1963, de acordo com a Lei Estadual nº. 2.079, assinada pelo governador do então Estado de Mato Grosso, Dr. Fernando Correa da Costa, é criado no município de Miranda o Distrito Dr. Arnaldo Estevão de Figueiredo. Por ser uma grande área de campo com pastagens nativas, o distrito ficou conhecido como Distrito do Campão.

O Distrito Dr. Arnaldo Estevão de Figueiredo teve um rápido desenvolvimento graças ao crescimento do comércio e indústrias ativas. A produção agropecuária rendia para o município de Miranda uma soma considerável em impostos pagos.

Ao reconhecerem os valores contribuídos e os serviços prestados ao Distrito, os colonos passaram a se sentir lesados. Surge a idéia de emancipação.

Para o processo de emancipação ter inicio, havia a necessidade da criação de um plebiscito ou uma comissão para esse fim. A partir de 1979 o vereador Leônidas Alves dos Santos, juntamente com Marculino Penajo Flores e Irineu Okaneko criou uma comissão emancipacionista para o Distrito de Campão.

Em 13 de maio de 1980, o então governador Marcelo Miranda Soares, publicou no Diário Oficial MS nº338 a Lei Estadual nº87 que tratava da criação do município de Bodoquena, palavra que, em tupi-guarani, significa "nascente em cima da serra".A instalação oficial do novo município ocorreu no ano seguinte.