Apesar de desconhecido, o Conselho Nacional de Assistência Social (CNAS), vinculado ao Ministério do Desenvolvimento Social (MDS), teve papel importante na concessão da Certificação de Entidades Beneficentes de Assistência Social (Cebas), pois decidia quais entidades tinham direito de serem classificadas como de assistência social. Como filantrópicas, hospitais, escolas e faculdades privadas obtêm vantagens fiscais que as livram de pagar milhões aos cofres públicos na forma de tributos mesmo sem cumprir o que a lei exige, na maioria dos casos investigados. O principal dos benefícios é a cota patronal do INSS.

A Receita e o INSS argumentam que elas não são beneficentes de assistência social ou não atenderam aos requisitos do artigo 3° do Decreto 2.536/98, que trata do assunto. Ao todo são 11 requisitos. O principal deles é o que obriga as instituições de oferecem, pelo menos, 20% de serviços gratuitos nas áreas de educação e assistência social e 60% na área de saúde.

Os percentuais são calculados sobre a receita bruta das entidades. Fraudes ou inclusão de serviços, que não são considerados filantropia para se atingir esses percentuais, são comuns entre os processos investigados. O caso dos dois hospitais pode ser enquadrado nesta mesma prática que resultou em ações do Ministério Público Federal, da Receita e da Polícia Federal. Em maio de 2009 conselheiros e um ex-presidente do CNAS foram presos por suposta venda de certificados.

De acordo com as investigações da Operação Fariseu, somente no ano de 2007, a conta da isenção para cerca de 7,1 mil entidades e ao mesmo tempo de prejuízo aos cofres públicos é de R$ 2,1 bilhões. As investigações da força-tarefa montada para apurar os crimes revisou isenções concedidas desde o final dos anos 90 só para se ter uma ideia do tamanho das fraudes.

A ação da AGU tem como base as conversas telefônicas gravadas com autorização da Justiça e documentos apreendidos na Operação Fariseu, investigação iniciada em 2005 pela PF, auditores da Receita Federal e procuradores do MPF. A apuração levou à prisão do advogado do hospital de Joinville e do consultor contratado pela entidade. Ambos são acusados, inclusive como réus em outros processos já ajuizados pelo MPF contra outras entidades e seus dirigentes, de fazerem parte de uma organização criminosa que praticou corrupção ativa e passiva, advocacia administrativa, formação de quadrilha e improbidade administrativa no CNAS.

Luiz Vicente Vieira Dutra, o então advogado do Dona Helena, e Euclides da Silva Machado também são réus em outra ação proposta pela AGU e que envolve o projeto Tamar. Segundo a denúncia (leia mais), a renomada fundação de proteção às tartarugas marinhas no litoral brasileiro pagou para que Euclides e Dutra como advogado do projeto fraudassem a concessão do documento incluindo provas falsas no processo e mudanças contábeis de última hora. Assim como no caso do Hospital Dona Helena, as ações foram ajuizadas ainda em outubro de 2010 pela Coordenação de Atuação Pró-Ativa e de Defesa da Probidade Administrativa da Procuradoria Regional da União da 1ª Região.